MolOcular ist ein Moleküleditor für den Desktop. Struktur mit der Maus zeichnen, und die Formel rechnet live mit.

MolOcular 1.1 läuft jetzt auch unter Linux und tauscht Strukturen in sechs Standardformaten mit anderer Chemie-Software aus.

MolOcular is a molecule editor for the desktop. Draw the structure with the mouse, and the formula keeps up live.

MolOcular 1.1 now runs on Linux too, and exchanges structures with other chemistry software in six standard formats.

Was ist neu in 1.1What's new in 1.1

Linux wird unterstützt. Neben dem Windows-ZIP gibt es MolOcular als AppImage für Linux: eine einzelne Datei, keine Installation. Voraussetzung ist 64-Bit-Linux ab Ubuntu 22.04, Debian 12 oder Fedora 36.

Linux support. Alongside the Windows ZIP, MolOcular now ships as a Linux AppImage: one file, nothing to install. It needs 64-bit Linux no older than Ubuntu 22.04, Debian 12 or Fedora 36.

Sechs Dateiformate. Über Datei ▸ Importieren… und Datei ▸ Exportieren… lassen sich Strukturen in diesen Formaten öffnen und speichern:

Six file formats. File ▸ Import… and File ▸ Export… open and save structures in these formats:

Format	DateiendungFile extension
SMILES	.smi
MOL / SD	.mol, .sdf
InChI	.inchi
CML	.cml
PDB	.pdb
ChemDraw XML	.cdxml

Gut zu wissenGood to know

• MOL- und SD-Dateien werden im neueren V3000-Format geschrieben. Sehr alte Software liest nur V2000.
• Der PDB-Import ist auf 1 000 Atome begrenzt. MolOcular ist ein 2D-Editor, kein Proteinbetrachter.
• Binäre ChemDraw-Dateien (.cdx) werden nicht unterstützt. Bitte in ChemDraw als CDXML speichern.
• ChemDraw-Abkürzungen wie Et oder Boc werden beim Import in ihre Atome aufgelöst.
• Linux: Die heruntergeladene Datei muss zuerst ausführbar gemacht werden: chmod +x MolOcular-1.1.0-linux-x86_64.AppImage. Danach im Dateimanager oder mit ./MolOcular-1.1.0-linux-x86_64.AppImage starten.
• Linux: Ohne libfuse2 und libopengl0 startet die AppImage nicht. Nachinstallieren mit sudo apt install libfuse2 libopengl0.

• MOL and SD files are written as V3000. Very old software reads V2000 only.
• PDB import is capped at 1 000 atoms. MolOcular is a 2D editor, not a protein viewer.
• Binary ChemDraw files (.cdx) are not supported. Save them from ChemDraw as CDXML.
• ChemDraw abbreviations such as Et or Boc are expanded into their atoms on import.
• Linux: the downloaded file must be made executable first: chmod +x MolOcular-1.1.0-linux-x86_64.AppImage. Then start it from your file manager or with ./MolOcular-1.1.0-linux-x86_64.AppImage.
• Linux: without libfuse2 and libopengl0 the AppImage will not start. Install them with sudo apt install libfuse2 libopengl0.

FunktionenFeatures

• Zeichnen: Atome und Bindungen per Klick und Ziehen setzen. Elemente kommen aus der rechten Seitenleiste — neun gängige sind immer sichtbar, der Rest über Weitere Elemente.... Bindungstypen kommen von links.
• Eine Geisterschau zeigt beim Ziehen, wo das nächste Atom landen würde, inklusive Verzweigungspositionen. Mit Tab durch die Vorschläge wechseln.
• Ringe aus einer Vorlage: einen Benzolring einfügen oder an ein bereits gezeichnetes Atom anfügen.
• Aromatizität wird erkannt, nicht gezeichnet. Einen Ring in abwechselnden Einfach-/Doppelbindungen zeichnen, und er wird erkannt; gespeichert wird er als aromatisch, dargestellt in Kekulé-Schreibweise. Ein „aromatische Bindung"-Werkzeug gibt es bewusst nicht.
• Atomeigenschaften — Ladung, Radikal, Isotop, explizite Wasserstoffzahl — per Rechtsklick auf ein Atom. Abweichungen werden direkt auf der Zeichenfläche dargestellt.
• Implizite Wasserstoffe lassen sich ein- oder ausblenden (Menü Ansicht).
• Ein überbindiges Atom wird mit einem gestrichelten roten Ring markiert.
• Das Massenpanel zeigt Molekülmasse, mittlere Masse und exakte Masse, mit der Formel in echten tief- und hochgestellten Zeichen. Es rechnet genau über die Auswahl — markiert man ein Carboxylat und ein Natrium, liest man Natriumacetat.
• Auswahl: Klick, Rahmen aufziehen, Strg+Klick zum Umschalten eines Atoms, Strg+Doppelklick für ein ganzes Molekül.
• Tabs, je eine Struktur pro Tab. Zoomen und Verschieben per Mausrad und Leertaste+Ziehen.
• Rückgängig/Wiederholen für alles, ein Schritt pro Geste.
• Speichern und Öffnen im eigenen .mmol-Format. SMILES einfügen aus der Zwischenablage mit Strg+V.

• Draw atoms and bonds by clicking and dragging. Elements come from the right sidebar — nine common ones are always visible, the rest via More elements.... Bond types come from the left.
• A ghost preview suggests where the next atom goes while you drag, including branch positions. Press Tab to cycle through the suggestions.
• Rings from a template: insert a benzene ring, or attach one to an atom you already drew.
• Aromaticity is perceived, not drawn. Draw a ring in alternating single/double bonds and it is recognised; it is stored aromatic and drawn Kekulé. There is deliberately no "aromatic bond" tool.
• Atom properties — charge, radical, isotope, explicit hydrogen count — via right-click on an atom. Overrides are drawn on the canvas.
• Implicit hydrogens can be shown or hidden (View menu).
• An over-valent atom is marked with a dashed red ring.
• The mass panel shows molecular mass, average mass and exact mass, with the formula in proper subscripts and superscripts. Select atoms and it reports exactly those — select a carboxylate and a sodium and you read sodium acetate.
• Selection: click, marquee-drag, Ctrl+click to toggle an atom, Ctrl+double-click for a whole molecule.
• Tabs, one structure each. Zoom and pan with the wheel and space-drag.
• Undo/redo for everything, one step per gesture.
• Save and open in its own .mmol format. Paste SMILES from the clipboard with Ctrl+V.